營所稅、綜所稅兩稅分離已是國際趨勢，新政府上任後，行之有年的兩稅合一制度是否改動，受外界關注。安永聯合會計師事務所會計師楊建華指出，在兩稅分離制度下，小散戶和大股東應繳稅率相同，恐會影響租稅的公平性，建議可以採行配套措施，藉以保障散戶權益。
楊建華指出，如果稅制採兩稅分離，民眾的股利所得就不必計入綜所稅的累進稅率。換言之，無論民眾拿到的股利多寡，都依一樣的稅率繳稅。政府應提出相關配套，照顧散戶權益，才能維護稅制的公平性。
參考外國立法經驗，政府可規定，假設兩稅分離制下的股利所得稅率是20%，則所得總額適用的稅率低於20%者，可適用較低稅率；或設立相關的免稅額，民眾的股利所得在一定額度以下，就可以免稅。
楊建華補充，現行兩稅合一的制度極為複雜，企業花費在申報營利事業所得稅的時間成本很高，光是計算股東可扣抵稅額就費時已久。如果計算錯誤，國稅局還會對企業連補帶罰。若能改採兩稅分離，則企業的稅務成本會單純許多。
另外，俗稱「富人稅」的綜所稅最高稅率45%是否調整，也是外界近來關注的議題。一不願具名的會計師指出，富人稅「不能只看實質稅率」，而要檢討稅制是否有落日條款。
會計師表示，當年推動富人稅，是基於國家財政困難、政府希望改善財政赤字，才會要求民間共體時艱，有其特殊的時空背景因素。但在財政改善後，富人稅是否會跟著落日？若能考慮落日條款或後續配套措施，或許民間對於富人稅的反彈不會那麼大。
另一會計師則說，大家對於留才政策應是樂觀其成，但富人稅上路時間極短，對於稅收的具體影響還未能估算，政府若是在未經通盤考量的狀況下，貿然更動綜所稅最高稅率，恐流於「喊價式調整」，反而損及稅制的穩定性。
